香港市面上的益生菌補充劑大都屬於食品類別的營養補充劑，不受藥物條例監管；而所標示的資料亦良莠不齊。故在選擇益生菌補充劑想做比較時，一定要留意以下細節：

1. 國際認證菌株來源

   選擇菌株時，可留意菌株是否有政府／大機構，如有美國FDA／歐洲EFSA認證，證明菌株安全有效。
   
   

2. 選擇有多項研究證明效用的益生菌株

   益生菌有份不同的屬，如乳桿菌（Lactobacillus）或雙歧桿菌（Bifidobacterium）等。而在研究中，大多數都是用特定菌株進行，但益生菌有數以萬計的不同菌株，可想而知不可能所有菌株都會有足夠的科研研究來證明效用。

   擁有315篇研究，最多文献的 Lactobacillus acidophilus NCFM 和擁有多過50篇研究文献的Bifidobacterium lactis HN019 都是有科研效用能加速腸道蠕動，從而緩解便秘與不適。選擇有詳細標與多項研究的菌株產品會較準確可靠，亦較幫助容易找到相關資料。
   
   

3. 菌種不是愈多愈好

   有研究把15種菌種的混合益生菌和其中4種混合菌種作比對，發現15種混合菌種的表現反而比4種來得差。因為太多不同的益生菌同時走進腸道，它們會互相爭奪有限的生存空間。但亦有一些組合，如雙歧桿菌（Bifidobacterium lactis）和嗜酸乳桿菌（Lactobacillus acidophilus）會互惠共生，互補不足。簡單來說：「人多手腳亂」，普遍2至4種組合即可。
   
   

4. 益菌數目不是愈多愈好

   身體一次接收不了太多益生菌，多餘的只好排出體外；有時甚至會造成腹瀉，得不償失。至於多少最好，就要看菌種及所需效果：10至500億已夠日常保健。除了足夠的數目，適合的腸道環境亦十分重要。益生元是益生菌的食物；能提供充足益生元，益菌自然樂於落戶生長。
   
   

5. 存活率高

   傳統益生菌需要特定儲存環境才可存活；益菌亦要通過唾液、胃酸、膽汁的考驗，才能到達腸道，發揮作用；還要有一定的依附性，方能落戶生長。現代科技已發展出能常溫保存、有保護層的益生菌產品；亦發現耐酸耐鹼的新品種。存活率高的益生菌產品當然是較佳的選擇。
   
   

6. 選無添加的

   有些益生菌補充劑會添加不少與其效用無關的化合物，如香味劑、色素、調節劑等。雖然可以食用的基本上都安全；但太多不必要的添加物多吃無益。有些添加物更有可能引發過敏反應，有過敏前科者要多加留意。大家可因應需要，揀選適合的益生菌補充劑。